Výzva k odstranění pochybností přichází, když má finanční úřad konkrétní pochybnosti o podaném přiznání, například u nadměrného odpočtu DPH. Upravuje ji § 89 daňového řádu a lhůta k odpovědi nesmí být kratší než 15 dnů. Dokud postup běží, úřad daň nevyměří a nadměrný odpočet nevrátí, nespornou část ale musí vyplatit jako zálohu.
Ve zkratce
- Výzva musí popsat konkrétní pochybnosti tak, aby se k nim firma mohla vyjádřit.
- Lhůta k odpovědi je nejméně 15 dnů a první žádosti o její prodloužení úřad vyhoví.
- Po sdělení výsledku je 15 dnů na návrh na pokračování v dokazování.
- Nespornou část nadměrného odpočtu od 50 000 Kč vyplatí úřad jako zálohu.
- Úrok z daňového odpočtu běží po 4 měsících od konce lhůty pro podání přiznání.
- Na výzvu ke kontrolnímu hlášení je 17 dnů při doručení do datové schránky.
Kdy úřad výzvu posílá a co v ní musí být
Výzvu k odstranění pochybností posílá finanční úřad podle § 89 daňového řádu, když pochybuje o správnosti, průkaznosti nebo úplnosti podaného tvrzení. Pochybnosti v ní musí popsat konkrétně, samotný nadměrný odpočet podle Nejvyššího správního soudu nestačí.
Podle § 89 daňového řádu pošle správce daně výzvu, když pochybuje o správnosti, průkaznosti nebo úplnosti podaného tvrzení či o pravdivosti údajů v něm. Od 1. 1. 2021 se to týká jakéhokoli podaného tvrzení a jiné písemnosti, nejen řádného a dodatečného přiznání.
Pochybnosti musí být konkrétní
Výzva musí pochybnosti popsat tak, aby se k nim firma mohla vyjádřit, doplnit neúplné údaje, vysvětlit nejasnosti, opravit nepravdivé údaje nebo prokázat jejich pravdivost a předložit důkazy. Poučí také o následcích nedodržení lhůty.
Samotný nadměrný odpočet nestačí
Nejvyšší správní soud v rozsudku 4 Afs 181/2025-35 ze dne 16. 12. 2025 posoudil výzvu, kterou úřad zdůvodnil jen tím, že přijatá plnění převyšují uskutečněná. Taková výzva podle soudu nebyla dostatečně konkrétní a celý postup byl nezákonným zásahem. Pochybnosti musí být opřené o racionální úvahu.
Lhůta k odpovědi a její prodloužení
Lhůta k odpovědi na výzvu k odstranění pochybností nesmí být kratší než 15 dnů. Prodloužit ji lze na žádost podanou před jejím uplynutím a první žádosti úřad vyhoví nejméně o dobu, která ze lhůty zbývá.
Nejméně 15 dnů
Lhůtu určuje úřad přímo ve výzvě. Podle § 89 odst. 3 nesmí být kratší než 15 dnů, horní hranici zákon nestanoví. Když potřebujete víc času na sehnání dokladů, řešte to před koncem lhůty.
Žádost o prodloužení
Podle § 36 daňového řádu lze lhůtu stanovenou úřadem prodloužit ze závažného důvodu. Žádost musíte podat před jejím uplynutím. První žádosti úřad vyhoví a lhůtu prodlouží aspoň o dobu, která ještě zbývá. Když o žádosti nerozhodne včas, nejpozději do 30 dnů, platí, že jí vyhověl.
Modelový příklad
Modelová situace: Výzva stanoví lhůtu 15 dnů a firma zjistí, že potřebné výpisy od dodavatele včas nesežene. Žádost o prodloužení podá ve chvíli, kdy ze lhůty zbývá 6 dnů. Jde o první žádost, takže úřad lhůtu prodlouží nejméně o oněch 6 dnů a firma má od podání žádosti aspoň 12 dnů. Kdyby úřad o žádosti nerozhodl do 30 dnů, platí, že jí vyhověl.
Jak na výzvu odpovědět
Na výzvu k odstranění pochybností se odpovídá bod po bodu s důkazy, jako jsou smlouvy, faktury nebo inventurní soupisy. Chyby se opravují přímo v odpovědi, protože dodatečné přiznání podané během vyměřovacího řízení je nepřípustné.
Kdo co prokazuje
Podle § 92 daňového řádu prokazuje firma všechny skutečnosti, které uvedla v přiznání a dalších podáních. Úřad naopak prokazuje, co zpochybňuje věrohodnost vašich evidencí. Prokázat po vás smí jen to, co nezjistí z vlastní úřední evidence. Odpovídejte proto bod po bodu.
Jaké důkazy přiložit
Důkazem může být podle § 93 cokoli, čím lze zjistit skutečný stav a co nebylo získáno v rozporu s předpisem: listiny, smlouvy, faktury, znalecké posudky, svědecké výpovědi nebo ohledání. Vyplatí se znát lhůty pro archivaci účetních dokladů, bez dokladů se tvrzení prokazuje těžko.
Podklady k majetku a zásobám
Když se pochybnosti týkají pořízeného majetku, hodí se mít po ruce smlouvy, předávací protokoly a podklady k daňovým odpisům majetku. U zásob a pohledávek pomůže doložit stav inventurními soupisy, které vznikají při inventarizaci majetku a závazků.
Opravy patří do odpovědi, ne do dodatečného přiznání
Postup k odstranění pochybností u řádného přiznání probíhá ve vyměřovacím řízení. Daňové tvrzení podané během vyměřovacího řízení je podle § 145a od 1. 1. 2021 nepřípustné, úřad ale jeho údaje využije, pokud to stav řízení umožňuje. Chybu proto opravte přímo v odpovědi na výzvu. Opravné přiznání lze podat jen do konce lhůty pro podání přiznání.
Jak postup končí
Postup k odstranění pochybností končí vyměřením daně platebním výměrem, když odpověď pochybnosti odstraní. Když pochybnosti trvají, může firma do 15 dnů od seznámení s výsledkem navrhnout pokračování v dokazování s dalšími důkazy.
O průběhu sepíše úřad protokol nebo úřední záznam podle § 90. Uvede v něm, co pochybnosti odstranilo a proč případně trvají. Když je odpověď přesvědčivá, úřad daň vyměří. U přiznání, u kterého proběhl postup k odstranění pochybností, musí výsledek oznámit platebním výměrem, i když se daň od přiznání neliší.
Když pochybnosti trvají
Úřad vám sdělí výsledek postupu. Do 15 dnů ode dne seznámení s ním můžete podat návrh na pokračování v dokazování s dalšími důkazy. Pokud úřad důvody k pokračování neshledá, vydá do 15 dnů od návrhu rozhodnutí o stanovení daně.
Když firma nespolupracuje
Bez potřebné součinnosti může úřad stanovit daň podle pomůcek, například podle nezpochybněných důkazů nebo srovnání s podobnými firmami. Za závažné ztěžování správy daní hrozí pořádková pokuta do 500 000 Kč podle § 247.
| Situace | Lhůta | Ustanovení |
|---|---|---|
| Odpověď na výzvu | podle výzvy, nejméně 15 dnů | § 89 odst. 3 DŘ |
| Návrh na pokračování v dokazování | 15 dnů od seznámení s výsledkem | § 90 odst. 2 DŘ |
| Vrácení nadměrného odpočtu | 15 dnů od oznámení platebního výměru | § 155b odst. 3 DŘ |
| Vrácení zálohy z nesporné části | 15 dnů od předepsání zálohy | § 174a DŘ |
| Následné kontrolní hlášení na výzvu | 17 dnů, mimo datovou schránku 5 pracovních dnů | § 101g ZDPH |
Čím se postup liší od daňové kontroly
Daňová kontrola se na rozdíl od postupu k odstranění pochybností zahajuje oznámením a končí zprávou o daňové kontrole. Její zahájení spouští lhůtu pro stanovení daně znovu, výzva k odstranění pochybností tento účinek nemá.
Daňová kontrola se zahajuje oznámením, které vymezí předmět a rozsah. Končí zprávou o daňové kontrole, před kterou úřad sdělí dosavadní výsledek kontrolního zjištění. Její zahájení způsobí, že lhůta pro stanovení daně běží znovu, výzva k odstranění pochybností tento účinek nemá.
Přechod do kontroly
Podle § 89 odst. 4 může úřad kvůli pochybnostem zahájit daňovou kontrolu, čímž postup k odstranění pochybností končí. Pevnou lhůtu pro ukončení postupu daňový řád nestanoví.
Nadměrný odpočet: záloha a úroky
Během postupu k odstranění pochybností vyplatí finanční úřad nespornou část nadměrného odpočtu jako zálohu, pokud dosáhne aspoň 50 000 Kč. Po 4 měsících od konce lhůty pro podání přiznání navíc vzniká úrok z daňového odpočtu.
Vrácení po vyměření
Nadměrný odpočet vrátí úřad bez žádosti do 15 dnů od oznámení platebního výměru.
Záloha z nesporné části
Od 1. 1. 2021 má plátce podle § 174a daňového řádu a § 105a zákona o DPH nárok na zálohu ve výši té části odpočtu, kterou úřad prověřovat nehodlá. Nárok nevzniká, když by záloha nedosáhla 50 000 Kč. Úřad ji předepíše bez zbytečného odkladu a vrátí do 15 dnů. Proti postupu při posouzení nároku lze podat námitku.
Proč pravidlo vzniklo
Záloha reagovala na judikaturu. Nejvyšší správní soud v rozsudku 9 Afs 155/2022-33 ze dne 31. 3. 2023 uvedl, že nespornost měl prověřit správce daně, ne plátce, a zadržení nesporné části bylo nezákonným zásahem.
Úrok z daňového odpočtu
Podle § 254a ve znění od 1. 1. 2021 vzniká úrok ode dne následujícího po uplynutí 4 měsíců od posledního dne lhůty pro podání přiznání. Výše je polovina úroku z prodlení. Výzva k odstranění pochybností jeho běh nestaví. Úrok do 1 000 Kč za období se nepředepisuje.
Výzva ke kontrolnímu hlášení
Výzva ke kontrolnímu hlášení podle § 101g zákona o DPH je samostatný institut, na který se odpovídá následným kontrolním hlášením. Lhůta činí 17 dnů od dodání výzvy do datové schránky, mimo datovou schránku 5 pracovních dnů.
Výzva podle § 101g zákona o DPH je samostatný institut. Když úřad pochybuje o údajích v kontrolním hlášení, vyzve ke změně, doplnění nebo potvrzení. Odpovídá se následným kontrolním hlášením do 17 dnů od dodání výzvy do datové schránky, to platí od 1. 1. 2023. Mimo datovou schránku je lhůta 5 pracovních dnů.
Nepodané kontrolní hlášení
Na výzvu k podání nepodaného hlášení je lhůta 5 dnů od oznámení výzvy. I když povinnost nevznikla, sdělte to v téže lhůtě.
Obrana proti průtahům a nezákonnému postupu
Proti průtahům a nezákonnému postupu finančního úřadu slouží stížnost podle § 261, podnět na nečinnost podle § 38 a žaloba na nezákonný zásah, kterou lze podat do 2 měsíců od zjištění zásahu, nejpozději do 2 let.
Stížnost a podnět na nečinnost
Proti postupu úřadu nebo chování úředníků lze podat stížnost podle § 261, úřad ji vyřídí do 60 dnů. Když se nic neděje, pomůže podnět na nečinnost nadřízenému správci daně podle § 38, například po 3 měsících od posledního úkonu.
Žaloba na nezákonný zásah
Nekonkrétní výzva nebo neopodstatněný postup může být nezákonným zásahem. Žalobu podle soudního řádu správního lze podat do 2 měsíců ode dne, kdy jste se o zásahu dozvěděli, nejpozději do 2 let od něj. Zmeškání lhůty nelze prominout.
Šest kroků, když přijde výzva
- Zapište si lhůtu hned po doručení do datové schránky.
- Přečtěte si, co přesně úřad zpochybňuje, a odpovězte na každý bod zvlášť.
- Požádejte o prodloužení před uplynutím lhůty, když doklady nestihnete.
- Přiložte důkazy, tedy smlouvy, faktury, dodací listy a platby.
- Chyby opravte v odpovědi, dodatečné přiznání během řízení nepomůže.
- Hlídejte 15 dnů na návrh na pokračování v dokazování po sdělení výsledku.
Lhůty pro přiznání popisuje článek o dani z příjmů s.r.o., protože výzva se může týkat i tohoto přiznání. Další témata od fakturace po spory s úřadem shrnuje průvodce Faktury, DPH a pohledávky.
Časté otázky
Kolik mám času odpovědět na výzvu k odstranění pochybností?
Lhůtu určí finanční úřad ve výzvě a podle daňového řádu nesmí být kratší než 15 dnů. Před jejím uplynutím můžete požádat o prodloužení. První žádosti úřad vyhoví, a když o ní nerozhodne do 30 dnů, platí, že jí vyhověl.
Může být výzva zdůvodněná jen tím, že mám vysoký nadměrný odpočet?
Výzva musí popsat konkrétní pochybnosti tak, aby na ně šlo reagovat. Nejvyšší správní soud v rozsudku 4 Afs 181/2025-35 uvedl, že samotné převýšení přijatých plnění nad uskutečněnými nestačilo. Postup byl v tom případě nezákonným zásahem.
Co když je část nadměrného odpočtu nesporná?
Od 1. 1. 2021 vyplatí úřad zálohu ve výši části odpočtu, kterou nehodlá prověřovat, pokud dosahuje aspoň 50 000 Kč. Vrací ji do 15 dnů od předepsání. Když s posouzením nároku na zálohu nesouhlasíte, můžete podat námitku.
Dostanu úrok, když úřad odpočet zdržuje?
Ano. Od 1. 1. 2021 vzniká úrok z daňového odpočtu po uplynutí 4 měsíců od posledního dne lhůty pro podání přiznání a jeho výše je polovina úroku z prodlení. Úrok, který za jedno období nepřesáhne 1 000 Kč, se nepředepisuje.
Mohu místo odpovědi podat dodatečné přiznání?
Během vyměřovacího řízení ne, takové tvrzení je podle § 145a daňového řádu nepřípustné. Úřad jeho údaje využije jen tehdy, když to stav řízení umožňuje. Chyby proto opravte přímo v odpovědi na výzvu, daňový řád s tím počítá.
Co když s výsledkem postupu nesouhlasím?
Do 15 dnů ode dne, kdy vás úřad seznámí s výsledkem, můžete podat návrh na pokračování v dokazování a navrhnout další důkazy. Když úřad důvody k pokračování neshledá, vydá do 15 dnů rozhodnutí o stanovení daně. Proti platebnímu výměru se pak můžete odvolat.
Zdroje
- Daňový řád, § 36, 89, 90, 145a, 174a a 254a, zákon č. 280/2009 Sb. (zakonyprolidi.cz)
- Zákon o DPH, § 101g až 101k a 105a, zákon č. 235/2004 Sb. (zakonyprolidi.cz)
- Změny kontrolního hlášení 2023, Finanční správa (financnisprava.gov.cz)
- Rozsudek NSS 4 Afs 181/2025, Nejvyšší správní soud (nssoud.cz)
- Rozsudek NSS 9 Afs 155/2022, Nejvyšší správní soud (nssoud.cz)
