Mzdová agenda v malé firmě: přihláška zaměstnavatele, mzdový list, vyúčtování daně a archivace

Mzdová agenda v malé firmě začíná přihláškou zaměstnavatele u ČSSZ a končí úschovou mzdových listů na desítky let. Od 1. 4. 2026 se plátce daně ze závislé činnosti už neregistruje u finančního úřadu, nahrazuje to přihláška do evidence zaměstnavatelů. Za lhůty odpovídá zaměstnavatel, i když mzdy zpracovává externí účetní.

Ve zkratce

  • Registraci plátce daně u finančního úřadu od 1. 4. 2026 nahrazuje přihláška u ČSSZ.
  • Přechodně do 30. 6. 2026 se zaměstnavatel přihlašuje do 8 dnů od nástupu prvního zaměstnance, od 1. 7. 2026 předem.
  • Zdravotní pojišťovně se nástup a skončení hlásí dál zvlášť.
  • Mzdový list se vede pro každého s příjmem ze závislé činnosti, i pro dohodáře.
  • Vyúčtování daně ze závislé činnosti se podává do 2 měsíců po skončení roku, od 1. 1. 2027 zaniká.
  • Mzdové listy se uchovávají 45 kalendářních roků, účetní doklady 5 let.

Přihláška zaměstnavatele u ČSSZ

Zaměstnavatel se přihlašuje do evidence zaměstnavatelů u ČSSZ, a to i firma, která má jen dohodáře. Od 1. 7. 2026 se přihláška podává elektronicky předem, nejpozději 2 pracovní dny a nejdříve 15 dnů před nástupem prvního zaměstnance.

Zákon č. 323/2025 Sb., o jednotném měsíčním hlášení zaměstnavatele (JMHZ), je účinný od 1. 1. 2026. Prvním krokem firmy s prvním zaměstnancem je přihláška do evidence zaměstnavatelů. Přihlásit se musí i firma, která má jen lidi na dohodu o provedení práce, protože tím plní i registraci podle zákona o nemocenském pojištění.

Kdy se přihlásit

Přechodně do 30. 6. 2026 se zaměstnavatel přihlašuje do 8 dnů od nástupu prvního zaměstnance. Od 1. 7. 2026 se přihlašuje předem: nejpozději 2 pracovní dny a nejdříve 15 dnů před nástupem prvního zaměstnance. Ve stejné lhůtě přihlásí i mzdovou účtárnu. Podává se jen elektronicky, datovou schránkou ČSSZ nebo přes ePortál ČSSZ. Odhlásit se musí do 8 dnů od skončení zaměstnání posledního zaměstnance.

Finanční úřad registraci už nechce

Registraci plátce podle § 39 zákona o daních z příjmů zrušil zákon č. 360/2025 Sb. s účinností od 1. 4. 2026. Finanční správa uvádí, že údaje dosavadních plátců předala ČSSZ automaticky.

Přihláška zaměstnance a zdravotní pojišťovna

Do evidence zaměstnanců u ČSSZ se hlásí každý s příjmem ze závislé činnosti včetně dohodářů, od 1. 7. 2026 nejpozději před nástupem. Zdravotní pojišťovně oznamuje zaměstnavatel nástup a skončení samostatně, zpravidla do 8 dnů.

Do evidence zaměstnanců u ČSSZ patří každý, kdo pobírá příjem ze závislé činnosti. Hlásí se tedy i dohody o provedení práce a o pracovní činnosti, i když z nich nevzniká účast na pojištění. Přechodně do 30. 6. 2026 platí lhůta 8 dnů od nástupu, od 1. 7. 2026 se zaměstnanec přihlašuje nejpozději před nástupem. Skončení zaměstnání a změny údajů se hlásí do 8 dnů.

Zdravotní pojišťovna zvlášť

Měsíční hlášení nenahrazuje oznámení zdravotní pojišťovně. Nástup a skončení se pojišťovně oznamují samostatně do 8 dnů podle § 10 zákona č. 48/1997 Sb. U zaměstnanců činných jen na dohodu o provedení práce nebo o pracovní činnosti je lhůta do 20. dne následujícího měsíce.

Mzdový list a další evidence

Mzdový list vede zaměstnavatel podle § 38j zákona o daních z příjmů pro každého s příjmem ze závislé činnosti, s měsíčními mzdami, zálohami, slevami a pojistným. Vedle něj vede evidence pro důchodové a nemocenské pojištění.

Mzdový list upravuje § 38j zákona o daních z příjmů. Plátce ho vede pro každého poplatníka s příjmy ze závislé činnosti, spolu s rekapitulací sražených záloh a srážkové daně za každý měsíc i za rok. Zákon č. 360/2025 Sb. od 1. 1. 2027 ruší jen odstavce o vyúčtování, mzdový list zůstává. Jak se sjednává mzda, která se do listu propisuje, rozebírá článek o mzdovém výměru a příplatcích.

Co do mzdového listu patří

  • jméno, rodné číslo a bydliště, u daňového nerezidenta datum narození, doklad totožnosti a daňovou rezidenci,
  • den nástupu, slevy a daňové zvýhodnění včetně osob, na které se uplatňují,
  • za každý měsíc zúčtované mzdy, osvobozené částky, základ zálohy, vypočtenou a sraženou zálohu, slevy a bonus,
  • pojistné placené zaměstnancem i zaměstnavatelem,
  • roční součty a údaje o ročním zúčtování.

Potvrzení pro zaměstnance

Na žádost zaměstnance vystaví plátce do 10 dnů potvrzení o zdanitelných příjmech se souhrnnými údaji ze mzdového listu a kopii si uschová.

Evidence pro důchodové a nemocenské pojištění

Pro důchodové pojištění vede zaměstnavatel záznamy podle § 37 zákona č. 582/1991 Sb., například o vzniku a skončení vztahu, vyměřovacím základu, pracovní neschopnosti, ošetřovném nebo neplaceném volnu. Pro nemocenské pojištění vede evidenci podle § 95 zákona o nemocenském pojištění, i o dohodářích bez účasti na pojištění. Co zaměstnavatel platí v prvních dnech nemoci, popisuje článek o náhradě mzdy při nemoci.

Měsíční hlášení, odvody a odpovědnost

Jednotné měsíční hlášení posílá zaměstnavatel ČSSZ od 1. do 20. dne následujícího měsíce, sražené zálohy na daň odvádí finančnímu úřadu do 20. dne měsíce, v němž povinnost srazit zálohy vznikla. Přestupky páchá zaměstnavatel, i když mzdy zpracovává externí účetní.

Mzdová účetní připravuje měsíční hlášení
Jednotné měsíční hlášení odchází České správě sociálního zabezpečení do 20. dne následujícího měsíce.

Od 1. 1. 2026 posílá zaměstnavatel ČSSZ údaje pro důchodové pojištění každý měsíc v jednotném měsíčním hlášení, od 1. do 20. dne následujícího měsíce. Evidenční list za rok 2026 sestaví ČSSZ sama, listy za rok 2025 a starší vyhotovuje zaměstnavatel podle dosavadních pravidel.

Zálohy na daň jdou dál finančnímu úřadu

Úhrn sražených záloh odvádí plátce finančnímu úřadu do 20. dne měsíce, v němž povinnost srazit zálohy vznikla, podle § 38h odst. 10 zákona o daních z příjmů. Srážkovou daň odvádí do konce měsíce následujícího po měsíci srážky. Daň, kterou plátce nesrazí nebo včas neodvede, vymáhá finanční úřad na něm.

Externí mzdová účetní

Přestupky podle zákona o JMHZ, například nepodání hlášení nebo nepřihlášení ve lhůtě, páchá zaměstnavatel. Vůči účetní firmě se škoda řeší podle smlouvy; daňový poradce musí mít ze zákona pojištění odpovědnosti. Podle GDPR je mzdová firma zpracovatelem a zaměstnavatel s ní musí uzavřít smlouvu podle čl. 28.

Vyúčtování daně a roční zúčtování

Vyúčtování daně ze závislé činnosti podává plátce do 2 měsíců po skončení roku, elektronicky do 20. března, a od 1. 1. 2027 tato povinnost zaniká. Roční zúčtování záloh provede zaměstnavatel do 31. března na žádost podanou do 15. února.

Plátce, který v roce zúčtoval nebo vyplatil příjmy ze závislé činnosti, podává vyúčtování daně do 2 měsíců po skončení roku, elektronicky do 20. března. Lhůtu nelze prodloužit a povinnost trvá, i když nebylo co odvádět. Firma s datovou schránkou zřízenou ze zákona, typicky s.r.o., podává jen elektronicky. Vyúčtování srážkové daně se podává do 3 měsíců po skončení roku podle § 137 odst. 2 daňového řádu.

Co se mění od roku 2027

Zákon č. 360/2025 Sb. ruší od 1. 1. 2027 povinnost podávat vyúčtování daně ze závislé činnosti, údaje ponese měsíční hlášení. U malých dohod bez prohlášení podle § 6 odst. 4 se místo srážkové daně uplatní záloha.

Roční zúčtování záloh

Zaměstnanec, který u všech plátců podepsal prohlášení, požádá posledního zaměstnavatele o roční zúčtování do 15. února a do téhož dne doloží potvrzení od předchozích plátců. Zaměstnavatel zúčtuje do 31. března a přeplatek vrátí nejpozději ve mzdě za březen. Nedoplatek se nesráží a u toho, kdo musí podat přiznání, se zúčtování neprovádí.

Modelový příklad

Modelová situace: zaměstnanec během roku pracoval u dvou firem, u obou podepsal prohlášení a daňové přiznání podávat nemusí. Do 15. února požádá druhou firmu, svého posledního zaměstnavatele, o roční zúčtování a doloží potvrzení o příjmech od první firmy. Zaměstnavatel zúčtování provede do 31. března. Vyjde-li přeplatek 4 000 Kč, vrátí ho zaměstnanci nejpozději ve mzdě za březen. Kdyby vyšel nedoplatek, ze mzdy se nesráží.

Archivace mzdových dokladů

Mzdové listy a záznamy pro důchodové pojištění se uchovávají 45 kalendářních roků po roce, kterého se týkají. Záznamy pro nemocenské pojištění se drží 10 kalendářních roků a účetní doklady 5 let od konce účetního období.

Mzdové listy a záznamy pro důchodové pojištění se uchovávají 45 kalendářních roků po roce, kterého se týkají, podle § 35a odst. 4 písm. c) zákona č. 582/1991 Sb. Patří sem i doklady o vzniku a skončení pracovního vztahu, záznamy o pracovních úrazech a evidence pracovní doby.

Doklad Jak dlouho Předpis
Mzdové listy, záznamy pro důchodové pojištění 45 kalendářních roků, u starobních důchodců 10 § 35a odst. 4 zákona č. 582/1991 Sb.
Záznamy pro nemocenské pojištění 10 kalendářních roků § 96 zákona č. 187/2006 Sb.
Účetní doklady a knihy 5 let od konce účetního období § 31 zákona č. 563/1991 Sb.
Podklady k vyúčtování daně nejméně 3 roky od lhůty pro podání § 148 daňového řádu

Pravidla pro faktury a ostatní doklady shrnuje článek o archivaci účetních dokladů. Uspořádané podklady se hodí i pro případ, že finanční úřad zahájí daňovou kontrolu u firmy.

Když firma zaniká

Zaniká-li zaměstnavatel bez právního nástupce, zajistí úschovu po zbytek lhůty a písemně oznámí územní správě sociálního zabezpečení, kde doklady jsou.

Šest chyb v mzdové agendě

  1. Čekat s přihláškou na nástup. Od 1. 7. 2026 se zaměstnavatel přihlašuje předem.
  2. Vynechat dohodáře. Do evidence patří každý s příjmem ze závislé činnosti.
  3. Spoléhat, že se pojišťovna dozví sama. Zdravotní pojišťovně se hlásí zvlášť.
  4. Hledat registraci na finančním úřadě. Zálohy se tam ale odvádějí dál.
  5. Skartovat mzdové listy po deseti letech. Lhůta je 45 kalendářních roků.
  6. Přenést odpovědnost na účetní. Vůči úřadům odpovídá zaměstnavatel.

Na mzdovou agendu navazuje nástup i odchod zaměstnance a celou cestu popisuje průvodce zaměstnáváním lidí v malé firmě.

Kolik firma za zaměstnance odvádí a do kdy, vysvětluje článek o odvodech zaměstnavatele.

Postup výpočtu krok za krokem popisuje článek o čisté mzdě z hrubé.

Časté otázky

Mám prvního zaměstnance. Kde a kdy se musím přihlásit jako zaměstnavatel?

Přihláška se podává elektronicky u ČSSZ do evidence zaměstnavatelů. Přechodně do 30. 6. 2026 do 8 dnů od nástupu prvního zaměstnance, od 1. 7. 2026 předem, nejpozději 2 pracovní dny a nejdříve 15 dnů před nástupem. Registrace u finančního úřadu od 1. 4. 2026 neexistuje.

Musím se ještě registrovat na finančním úřadě jako plátce daně ze závislé činnosti?

Ne. Registraci plátce podle § 39 zákona o daních z příjmů zrušil zákon č. 360/2025 Sb. od 1. 4. 2026 a nahradila ji přihláška u ČSSZ. Sražené zálohy na daň se ale dál odvádějí finančnímu úřadu do 20. dne měsíce.

Stačí přihláška u ČSSZ i pro zdravotní pojišťovnu?

Nestačí. Jednotné měsíční hlášení nenahrazuje oznámení zdravotní pojišťovně, nástup a skončení zaměstnání se jí hlásí zvlášť do 8 dnů. U zaměstnanců, kteří pro firmu pracují jen na dohodu o provedení práce nebo o pracovní činnosti, je lhůta do 20. dne následujícího měsíce.

Co musí obsahovat mzdový list a jak dlouho ho schovávat?

Mzdový list obsahuje osobní údaje, slevy, měsíční mzdy, zálohy na daň, pojistné a roční součty podle § 38j zákona o daních z příjmů. Uchovává se 45 kalendářních roků po roce, kterého se týká, u poživatelů starobního důchodu 10 let.

Posílám ještě evidenční listy důchodového pojištění?

Za rok 2026 běžně ne. Údaje jdou každý měsíc v jednotném měsíčním hlášení a evidenční list sestaví ČSSZ sama. Evidenční listy za rok 2025 a starší a za zaměstnance, jejichž účast skončila před 1. 4. 2026, ale zaměstnavatel vyhotovuje podle dosavadních pravidel.

Do kdy se podává vyúčtování daně ze závislé činnosti a srážkové daně?

Vyúčtování daně ze závislé činnosti se podává do 2 měsíců po skončení roku, elektronicky do 20. března. Vyúčtování srážkové daně do 3 měsíců po skončení roku. Od 1. 1. 2027 povinnost vyúčtování daně ze závislé činnosti zaniká a údaje nese měsíční hlášení.

Zdroje

Radek Vávra
Radek Vávra

Radek Vávra je šéfredaktor Podnikmag.cz. Věnuje se financím, investování a podnikání.

Články: 509